Package: sismar 1.1.0

Joe Lara

sismar: Arrumar dados SISMA

Fornece um conjunto de funções para a criação de conjuntos de dados analíticos a partir de downloads do SISMA e DISA. Inclui funções que arrumam os ficheiros para um formato longo, removem variáveis desnecessárias, e criam colunas úteis para a análise.

Authors:Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut]

sismar_1.1.0.tar.gz
sismar_1.1.0.zip(r-4.7)sismar_1.1.0.zip(r-4.6)sismar_1.1.0.zip(r-4.5)
sismar_1.1.0.tgz(r-4.6-any)sismar_1.1.0.tgz(r-4.5-any)
sismar_1.1.0.tar.gz(r-4.7-any)sismar_1.1.0.tar.gz(r-4.6-any)
sismar_1.1.0.tgz(r-4.6-emscripten)
manual.pdf |manual.html✨
DESCRIPTION |NEWS
card.svg |card.png
sismar/json (API)

# Install 'sismar' in R:
install.packages('sismar', repos = c('https://usaid-mozambique.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Bug tracker:https://github.com/usaid-mozambique/sismar/issues

Pkgdown/docs site:https://usaid-mozambique.github.io

Datasets:

On CRAN:

Conda:

3.78 score 2 stars 5 scripts 49 exports 64 dependencies

Last updated from:b509d18c21. Checks:7 WARNING, 2 OK. Indexed: yes.

TargetResultTimeFilesSyslog
linux-devel-x86_64WARNING121
source / vignettesOK335
linux-release-x86_64WARNING131
macos-release-arm64WARNING146
macos-oldrel-arm64WARNING90
windows-develWARNING92
windows-releaseWARNING74
windows-oldrelWARNING86
wasm-releaseOK122

Exports:%>%add_missing_varsattach_meta_coordattach_meta_mqattach_meta_partnerattach_meta_pepfar_ipattach_meta_uidcheck_exact_matchclean_disa_dpiclean_sisma_csvclean_sisma_dfid_check_disaload_pop_ineparse_sisma_ats_autoparse_sisma_ats_ccsdparse_sisma_ats_historyparse_sisma_ats_indexparse_sisma_ats_resultsparse_sisma_ats_saaj_cmparse_sisma_ats_smiparse_sisma_besparse_sisma_csvparse_sisma_hiv_ajmhcmmparse_sisma_hiv_apssparse_sisma_hiv_dahparse_sisma_hiv_itsparse_sisma_hiv_prepparse_sisma_hiv_tarvparse_sisma_smi_ccdparse_sisma_smi_ccrparse_sisma_smi_ccsparse_sisma_smi_cpnparse_sisma_smi_cppparse_sisma_smi_matparse_sisma_smi_pavparse_sisma_smi_pfparse_sisma_smi_pf_intparse_sisma_smi_ugprocess_disa_cvprocess_disa_dpiprocess_naomiprocess_pop_ineprocess_sisma_csvprocess_sisma_exportread_example_csvrecode_ine_ageseq_varsset_languagesetup_sismar_folder

Dependencies:askpassbitbit64cellrangerclicliprcpp11crayoncredentialscurldescdplyrfsgarglegenericsgertgitcredsgluegoogledrivegooglesheets4hmshttrhttr2idsinijanitorjsonlitelifecyclelubridatemagrittrmimeopensslpillarpkgconfigprettyunitsprogresspurrrR6rappdirsreadrreadxlrematchrematch2rlangrprojrootrstudioapisnakecasestringistringrsystibbletidyrtidyselecttimechangetzdbusethisutf8uuidvctrsvroomwhiskerwithryamlzip

Exportar Relatórios SISMA
Introdução | Gerar relatório SISMA padrão | Descarregar relatório SISMA padrão
Rendered fromexport-sisma.Rmdusingknitr::rmarkdown

Last update: 2025-02-26
Started: 2024-09-20

Arrumar Dados DISA
Carregar os pacotes | Definir variáveis globais | Arrumar dados mensais DISA | Gravar dados mensais | Compilar dados mensais | Celebre (e analise) o seu trabalho!
Rendered fromtidy-disa.Rmdusingknitr::rmarkdown

Last update: 2025-02-26
Started: 2024-07-19

Arrumar Dados SISMA
Carregar os pacotes | Definir variáveis globais | Arrumar dados SISMA | Abordagem 1: Using Sequential Functions | Abordagem 2: Utilização da função "wrapper" | Abordagem 3: Utilização a nova função "wrapper" automatizado (recommendado)
Rendered fromtidy_sop.Rmdusingknitr::rmarkdown

Last update: 2025-02-26
Started: 2023-08-24

Readme and manuals

Help Manual

Help pageTopics
Adiciona variáveis em falta nos quadros arrumados pelas funções 'parse'add_missing_vars
Anexar: Coordenadas geográficasattach_meta_coord
Anexar: Metadados da melhoria da qualidadeattach_meta_mq
Anexar: Metadados do apoio dos parceirosattach_meta_partner
Anexar: Metadados do apoio dos parceiros PEPFARattach_meta_pepfar_ip
Anexar: Metadados uid das provincias e distritosattach_meta_uid
Mapear ficheiro de insumo ao modelo de processamentocheck_exact_match
Função auxiliar para recodificar o quadro de dados DISAclean_disa_dpi
Importar e limpar ficheiro .csv do SISMAclean_sisma_csv
Limpar ficheiro bruto SISMAclean_sisma_df
Mapa de UID para ligação entre DISA, SISMA e DATIMdata_disa_uid_map
Mapa para ligar os códigos de forma da província e do distrito aos dados SISMAdata_sisma_geo_above_site
Mapa para ligar as coordenadas geográficas aos dados das unidades de saúde SISMAdata_sisma_geo_sites
Lista de unidades sanitárias SISMAdata_sisma_sitelist
Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISAid_check_disa
Importar quadro de dados populacionais INEload_pop_ine
Arrumar: Auto-diagnóstico do HIVparse_sisma_ats_auto
Arrumar: Testagem do HIV da CCS e CCRparse_sisma_ats_ccsd
Arrumar: Testagem do HIV em populações-chave/vulnerável e historialparse_sisma_ats_history
Arrumar: Testagem do HIV caso índiceparse_sisma_ats_index
Arrumar: Testagem do HIV (Registo ATS)parse_sisma_ats_results
Arrumar: Testagem do HIV SAAJparse_sisma_ats_saaj_cm
Arrumar: Testagem do HIV SMIparse_sisma_ats_smi
Arrumar: Boletim epidemiológico semanal (BES)parse_sisma_bes
Arrumar dados SISMA por tipoparse_sisma_csv
Arrumar: Adolescente joven mentor, homem campeão, e mães mentorasparse_sisma_hiv_ajmhcmm
Arrumar: Apoio psicossocial do HIV (APSS)parse_sisma_hiv_apss
Arrumar: Doença avançada do HIVparse_sisma_hiv_dah
Arrumar: Infecções de transmissão sexual (ITS)parse_sisma_hiv_its
Arrumar: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP)parse_sisma_hiv_prep
Arrumar: Tratamento Antiretroviral (TARV)parse_sisma_hiv_tarv
Arrumar: Consulta da criança doente (CCD)parse_sisma_smi_ccd
Arrumar: Consulta da criança de risco (CCR)parse_sisma_smi_ccr
Arrumar: Consulta da criança sadia (CCS)parse_sisma_smi_ccs
Arrumar: Consulta pré-natal (CPN)parse_sisma_smi_cpn
Arrumar: Consulta pós-parto (CPP)parse_sisma_smi_cpp
Arrumar: Maternidade (Mat)parse_sisma_smi_mat
Arrumar: Programa alargado de vacinação (PAV)parse_sisma_smi_pav
Arrumar: Planeamento familiar (PF)parse_sisma_smi_pf
Arrumar: Planeamento familiar (PF) integradoparse_sisma_smi_pf_int
Arrumar: Urgência de ginecológica (UG)parse_sisma_smi_ug
Processar: Carga Viral (CV) da DISA OpenLDRprocess_disa_cv
Processar: Diagnóstico precoce infantil (DPI) da DISA OpenLDRprocess_disa_dpi
Processar: Naomi 'indicators' .csvprocess_naomi
Processar: Projecções demográficas distritais do INEprocess_pop_ine
Processar: Dados em formato .csv do SISMAprocess_sisma_csv
Processar: Dados em formato .csv do SISMAprocess_sisma_export
Lê dados de exemplo no ambiente Rread_example_csv
Recodificar a idade em faixas etárias de cinco anosrecode_ine_age
Reordena variáveis em sequência padrãoseq_vars
Define a lingua dos variáveis no quadro geradoset_language
Cria uma estrutura padrão de pastassetup_sismar_folder