Package: sismar 1.1.0

Joe Lara

sismar: Transform tabular export files from SISMA

Provides a set of functions for creating analytical datasets from SISMA CSV downloads. This includes functions that reshape files into long format, remove unnecessary variables, and engineer features useful in analysis.

Authors:Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut]

sismar_1.1.0.tar.gz
sismar_1.1.0.zip(r-4.5)sismar_1.1.0.zip(r-4.4)sismar_1.1.0.zip(r-4.3)
sismar_1.1.0.tgz(r-4.4-any)sismar_1.1.0.tgz(r-4.3-any)
sismar_1.1.0.tar.gz(r-4.5-noble)sismar_1.1.0.tar.gz(r-4.4-noble)
sismar_1.1.0.tgz(r-4.4-emscripten)sismar_1.1.0.tgz(r-4.3-emscripten)
sismar.pdf |sismar.html✨
sismar/json (API)
NEWS

# Install 'sismar' in R:
install.packages('sismar', repos = c('https://usaid-mozambique.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Peer review:

Bug tracker:https://github.com/usaid-mozambique/sismar/issues

Datasets:

On CRAN:

5.26 score 2 stars 9 scripts 42 exports 76 dependencies

Last updated 1 months agofrom:a64ade3a5c. Checks:OK: 1 NOTE: 6. Indexed: yes.

TargetResultDate
Doc / VignettesOKNov 16 2024
R-4.5-winNOTENov 16 2024
R-4.5-linuxNOTENov 16 2024
R-4.4-winNOTENov 16 2024
R-4.4-macNOTENov 16 2024
R-4.3-winNOTENov 16 2024
R-4.3-macNOTENov 16 2024

Exports:%>%attach_meta_coordattach_meta_mqattach_meta_partnerattach_meta_pepfar_ipattach_meta_uidcheck_exact_matchclean_sisma_csvclean_sisma_dfdedup_naomiid_check_disaparse_sisma_ats_autoparse_sisma_ats_ccsdparse_sisma_ats_historyparse_sisma_ats_indexparse_sisma_ats_resultsparse_sisma_ats_saaj_cmparse_sisma_ats_smiparse_sisma_csvparse_sisma_hiv_ajmhcmmparse_sisma_hiv_apssparse_sisma_hiv_dahparse_sisma_hiv_itsparse_sisma_hiv_prepparse_sisma_hiv_tarvparse_sisma_smi_ccdparse_sisma_smi_ccrparse_sisma_smi_ccsparse_sisma_smi_cpnparse_sisma_smi_cppparse_sisma_smi_matparse_sisma_smi_pavparse_sisma_smi_pfparse_sisma_smi_pf_intparse_sisma_smi_ugprocess_disa_cvprocess_disa_dpiprocess_sisma_csvprocess_sisma_exportread_example_csvset_languagesetup_sismar_folder

Dependencies:askpassbitbit64cellrangerclicliprcolorspacecpp11crayoncredentialscurldescdplyrfansifarverfsgarglegenericsgertghgitcredsgluegoogledrivegooglesheets4hmshttrhttr2idsinijanitorjsonlitelabelinglifecyclelubridatemagrittrmimemozRmunsellopensslopenxlsxpillarpkgconfigprettyunitsprogresspurrrR6rappdirsRColorBrewerRcppreadrreadxlrematchrematch2rlangrprojrootrstudioapiscalessnakecasestringistringrsystibbletidyrtidyselecttimechangetzdbusethisutf8uuidvctrsviridisLitevroomwhiskerwithryamlzip

Exportar Relatórios Padrão SISMA

Rendered fromexport-sisma.Rmdusingknitr::rmarkdownon Nov 16 2024.

Last update: 2024-10-10
Started: 2024-09-20

Arrumar Dados Programáticos do SISMA

Rendered fromtidy_sop.Rmdusingknitr::rmarkdownon Nov 16 2024.

Last update: 2024-10-10
Started: 2023-08-24

Arrumar Dados de Carga Viral da DISA

Rendered fromtidy-disa.Rmdusingknitr::rmarkdownon Nov 16 2024.

Last update: 2024-09-20
Started: 2024-07-19

Readme and manuals

Help Manual

Help pageTopics
Anexar coordenadas geográficas das unidades sanitáriasattach_meta_coord
Retreive and attach MQ metadataattach_meta_mq
Retreive and attach partner metadataattach_meta_partner
Retreive and attach partner metadataattach_meta_pepfar_ip
Retreive and attach province and district uid metadataattach_meta_uid
Helper function to check for input matches against templatecheck_exact_match
Clean SISMA .csv exportsclean_sisma_csv
Clean SISMA input file prior to parsingclean_sisma_df
UID map for linking DISA, SISMA and DATIMdata_disa_uid_map
Map for linking province and district shape codes to SISMA datadata_sisma_geo_above_site
Map for linking geocoordinates to SISMA health facility datadata_sisma_geo_sites
Deduplicated SISMA site listdata_sisma_sitelist
Deduplicate Naomi CSV filededup_naomi
Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA para investigaçãoid_check_disa
Arrumar quadros de dados para os serviços de auto-diagnóstico do HIVparse_sisma_ats_auto
Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV nas consultas da criança sadia (CCS) e em risco (CCR)parse_sisma_ats_ccsd
Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV em populações-chave e vulneráveis e dados da historial de testagem do HIVparse_sisma_ats_history
Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV caso índiceparse_sisma_ats_index
Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV reportado a partir do registo ATSparse_sisma_ats_results
Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV dos Serviços Amigos dos Adolescentes e Jovens (SAAJ)parse_sisma_ats_saaj_cm
Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV dos Serviços Saúde Materno-Infantil (SMI)parse_sisma_ats_smi
Arrumar quadros de dados SISMA por tipo especificado pelo utilizadorparse_sisma_csv
Arrumar quadros de dados para os serviços de Adolescente joven mentor, homem campeão, mães mentorasparse_sisma_hiv_ajmhcmm
Arrumar quadros de dados para os serviços Apoio Psicossocial (APSS), do PNC ITS-HIV/SIDAparse_sisma_hiv_apss
Arrumar quadros de dados para os serviços doença avançada do HIVparse_sisma_hiv_dah
Arrumar quadros de dados para os serviços de Infecções de Transmissão Sexual (ITS) do PNC ITS-HIV/SIDAparse_sisma_hiv_its
Arrumar quadros de dados para os serviços de Profilaxia Pré-Exposição (PrEP)parse_sisma_hiv_prep
Arrumar quadros de dados para os serviços de Tratamento Antiretroviral (TARV)parse_sisma_hiv_tarv
Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta da Criança Doente (CCD)parse_sisma_smi_ccd
Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta da Criança de Risco (CCR)parse_sisma_smi_ccr
Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta da Criança Sadia (CCS)parse_sisma_smi_ccs
Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta Pré-natal (CPN)parse_sisma_smi_cpn
Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta Pós-parto (CPP)parse_sisma_smi_cpp
Arrumar quadros de dados para os serviços da Maternidadeparse_sisma_smi_mat
Arrumar quadros de dados para os serviços do Programa Alargado de Vacinação (PAV)parse_sisma_smi_pav
Arrumar quadros de dados para os serviços do Planeamento Familiar (PF)parse_sisma_smi_pf
Arrumar quadros de dados para os serviços do Planeamento Familiar (PF) Integradoparse_sisma_smi_pf_int
Arrumar quadros de dados para os serviços de Urgência de Ginecológicaparse_sisma_smi_ug
Tidy DISA viral load .xlsx files (extracted from OpenLDR)process_disa_cv
Tidy DISA DPI .xlsx files (extracted from OpenLDR)process_disa_dpi
Create tidy dataframes for user-specified SISMA .csv servicesprocess_sisma_csv
Arrumar quadros de dados a partir de relatórios padrão SISMA em formato .csvprocess_sisma_export
função auxiliar que lê dados de exemplo no ambiente Rread_example_csv
Função auxiliar que define a lingua dos variáveis no quadro geradoset_language
Cria uma estrutura organizacional (pastas) que é comum a todos os projectos sismarsetup_sismar_folder