Package 'sismar'

Title: Arrumar dados SISMA
Description: Fornece um conjunto de funções para a criação de conjuntos de dados analíticos a partir de downloads do SISMA e DISA. Inclui funções que arrumam os ficheiros para um formato longo, removem variáveis desnecessárias, e criam colunas úteis para a análise.
Authors: Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut]
Maintainer: Joe Lara <[email protected]>
License: MIT + file LICENSE
Version: 1.1.0
Built: 2026-05-18 09:48:56 UTC
Source: https://github.com/usaid-mozambique/sismar

Help Index


Adiciona variáveis em falta nos quadros arrumados pelas funções parse

Description

Adiciona variáveis em falta nos quadros arrumados pelas funções parse

Usage

add_missing_vars(df)

Arguments

df

Objecto quadro de dados processado pela família de funções parse

Value

Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão

Examples

## Not run: 

 df <- add_missing_vars()
## End(Not run)

Anexar: Coordenadas geográficas

Description

attach_meta_coord Une as coordenadas geográficas da unidade sanitária gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador

Usage

attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")

Arguments

df

Dataframe já transformado através de process_sisma_csv ou process_sisma_export

sheetname

Nome da folha do MISAU_Site_Map

Value

Dataframe contendo coordenadas geográficas das unidades sanitárias

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_uid(df)
## End(Not run)

Anexar: Metadados da melhoria da qualidade

Description

attach_meta_mq Une iniciativas de melhoria da qualidade gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador

Usage

attach_meta_mq(df)

Arguments

df

Dataframe limpo através de process_sisma_export

Value

Um objeto de dados que contém metadados MQ

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_mq(df)
## End(Not run)

Anexar: Metadados do apoio dos parceiros

Description

attach_meta_partner Une informações sobre o apoio dos parceiros gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador

Usage

attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")

Arguments

df

Quandro de dados limpo através de process_sisma_export

sheetname

Nome da folha do PCMD_Site_Map

Value

Quadro de dados contendo coluna que indica o apoio dos parceiros

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_partner(df)
## End(Not run)

Anexar: Metadados do apoio dos parceiros PEPFAR

Description

attach_meta_pepfar_ip Une informações sobre o apoio dos parceiros PEPFAR gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador

Usage

attach_meta_pepfar_ip(df)

Arguments

df

Quadro de dados limpo através de process_sisma_export

Value

Quadro de dados contendo coluna que indica o apoio dos parceiros PEPFAR

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_pepfar_ip(df)
## End(Not run)

Anexar: Metadados uid das provincias e distritos

Description

attach_meta_uid Une informações dos UIDs das provincias e distritos

Usage

attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")

Arguments

df

Quadro de dados limpo através de process_sisma_export

sheetname

Nome da folha do MISAU_Site_Map

Value

Quadro de dados contendo colunas para metadados das provincias e distritos

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_uid(df)
## End(Not run)

Mapear ficheiro de insumo ao modelo de processamento

Description

Mapear ficheiro de insumo ao modelo de processamento

Usage

check_exact_match(df_vars, template_vars)

Arguments

df_vars

variáveis de dataframe

template_vars

variáveis dos modelos de referência

Value

matriz de correspondência

Examples

## Not run: 

 df <- check_exact_match()
## End(Not run)

Função auxiliar para recodificar o quadro de dados DISA

Description

Função auxiliar para recodificar o quadro de dados DISA

Usage

clean_disa_dpi(df)

Arguments

df

Quadro de dados semi-processado transmitido através de process_disa_dpi

Value

Quadro de dados DISA recodificado

Examples

## Not run: 

 df <- clean_disa_dpi()
## End(Not run)

Importar e limpar ficheiro .csv do SISMA

Description

clean_sisma_csv() importa um ficheiro .csv bruto de SISMA e devolve um objecto transformado numa estrutura longa, cria uma coluna de período formatada e devolve um objeto de dados com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor) [Superseded] clean_sisma_csv foi substituída por clean_sisma_df

Usage

clean_sisma_csv(file)

Arguments

file

Caminho para um ficheiro .csv exportado do SISMA que contém variáveis de elementos no horizontal e período e unidades organizacionais no vertical

Value

clean_sisma_csv() devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)

Examples

## Not run: 
 df <- clean_sisma_csv()
## End(Not run)

Limpar ficheiro bruto SISMA

Description

clean_sisma_df() pega num objecto de dados importado através de process_sisma_export e devolve-o transformado numa estrutura longa, cria uma coluna de período formatada e devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas

Usage

clean_sisma_df(df)

Arguments

df

um objecto de dados importado através de process_sisma_export

Value

clean_sisma_df() devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)

Examples

## Not run: 

 df <- clean_sisma_df()
## End(Not run)

Mapa de UID para ligação entre DISA, SISMA e DATIM

Description

Mapa de UID para ligação entre DISA, SISMA e DATIM

Usage

data(data_disa_uid_map)

Format

Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados

disa_uid

UID DISA (e.g. CHAEM)

sisma_uid

UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)

datim_uid

UID DATIM (e.g. jIem8wI1Rx)


Mapa para ligar os códigos de forma da província e do distrito aos dados SISMA

Description

Mapa para ligar os códigos de forma da província e do distrito aos dados SISMA

Usage

data(data_sisma_geo_above_site)

Format

Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados

provincia

Provincia

snuuid

UID da provincia

distrito

Distrito

psnuuid

UID do distrito

distrito_ine

Distrito no ficheiro INE


Mapa para ligar as coordenadas geográficas aos dados das unidades de saúde SISMA

Description

Mapa para ligar as coordenadas geográficas aos dados das unidades de saúde SISMA

Usage

data(data_sisma_geo_sites)

Format

Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados

sisma_uid

UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)

latitude

Latitude geográfica

longitude

Longitude geográfica


Lista de unidades sanitárias SISMA

Description

Lista de unidades sanitárias SISMA

Usage

data(data_sisma_sitelist)

Format

Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados

sisma_uid

UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)

provincia

Provincia

distrito

Distrito

us

Unidade Sanitária


Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA

Description

Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA

Usage

id_check_disa(df, period_window = 6)

Arguments

df

Dataframe já processado por process_disa_cv ou process_disa_dpi

period_window

Número de meses analisados do dataframe providenciado (contado a partir do mês mais recente)

Value

Dataframe com 1) UID DISA sem UID SISMA correspondentes; e 2) UID SISMA com múltiplos UID DISA

Examples

## Not run: 

 df <- id_check_disa()
## End(Not run)

Importar quadro de dados populacionais INE

Description

Importar quadro de dados populacionais INE

Usage

load_pop_ine(filename, input_tabs)

Arguments

filename

utiliza um caminho fornecido pelo utilizador

input_tabs

anos no ficheiro a ser processado

Value

um quadro contendo dados para os anos específicos

Examples

## Not run: 

 df <- load_pop_ine()
## End(Not run)

Arrumar: Auto-diagnóstico do HIV

Description

parse_sisma_ats_auto Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_auto(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_auto devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_auto()
## End(Not run)

Arrumar: Testagem do HIV da CCS e CCR

Description

parse_sisma_ats_ccsd Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_ccsd(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_ccsd devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_ccsd()
## End(Not run)

Arrumar: Testagem do HIV em populações-chave/vulnerável e historial

Description

parse_sisma_ats_history Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_history(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_history devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_history()
## End(Not run)

Arrumar: Testagem do HIV caso índice

Description

parse_sisma_ats_index Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_index(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_index devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_index()
## End(Not run)

Arrumar: Testagem do HIV (Registo ATS)

Description

parse_sisma_ats_results Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_results(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_results devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_results()
## End(Not run)

Arrumar: Testagem do HIV SAAJ

Description

parse_sisma_ats_saaj_cm Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_saaj_cm(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_saaj_cm devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_saaj_cm()
## End(Not run)

Arrumar: Testagem do HIV SMI

Description

parse_sisma_ats_smi Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_smi(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_smi devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_smi()
## End(Not run)

Arrumar: Boletim epidemiológico semanal (BES)

Description

parse_sisma_bes Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_bes(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_bes devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_bes()
## End(Not run)

Arrumar dados SISMA por tipo

Description

parse_sisma_csv função auxiliar que chama a função apropriada com base no argumento definido pelo utilizador

Input File Types

  • SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil

  • SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil

  • SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil

  • SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil

  • SMI-PF: PF, Saude Materna Infantil

  • SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil

  • ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV

  • ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV

  • ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV

  • ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven

  • ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente

  • ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)

  • ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV

  • HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV

  • HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV

  • HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV

  • HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV

  • HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora

  • HIV DAH: Doenca Avancada do HIV

Usage

parse_sisma_csv(data, type)

Arguments

data

Caminho para o ficheiro de dados SISMA (guardado em formato .csv)

type

Define o tipo de dados programáticos para processamento

Value

parse_sisma_csv devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_csv()
## End(Not run)

Arrumar: Adolescente joven mentor, homem campeão, e mães mentoras

Description

parse_sisma_hiv_ajmhcmm Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_ajmhcmm devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm()
## End(Not run)

Arrumar: Apoio psicossocial do HIV (APSS)

Description

parse_sisma_hiv_apss Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_apss(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_apss devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_apss()
## End(Not run)

Arrumar: Doença avançada do HIV

Description

parse_sisma_hiv_dah Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_dah(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_dah devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_dah()
## End(Not run)

Arrumar: Infecções de transmissão sexual (ITS)

Description

parse_sisma_hiv_its Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_its(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_its devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_its()
## End(Not run)

Arrumar: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP)

Description

parse_sisma_hiv_prep Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_prep(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_prep devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_prep()
## End(Not run)

Arrumar: Tratamento Antiretroviral (TARV)

Description

parse_sisma_hiv_tarv Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_tarv(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_tarv devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_tarv()
## End(Not run)

Arrumar: Consulta da criança doente (CCD)

Description

parse_sisma_smi_cpp Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ccd(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ccd devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_cpp()
## End(Not run)

Arrumar: Consulta da criança de risco (CCR)

Description

parse_sisma_smi_ccr Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ccr(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ccr devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_ccr()
## End(Not run)

Arrumar: Consulta da criança sadia (CCS)

Description

parse_sisma_smi_ccs Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ccs(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ccs devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_ccs()
## End(Not run)

Arrumar: Consulta pré-natal (CPN)

Description

parse_sisma_smi_cpn Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_cpn(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_cpn devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_cpn()
## End(Not run)

Arrumar: Consulta pós-parto (CPP)

Description

parse_sisma_smi_cpp Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_cpp(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_cpp devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_cpp()
## End(Not run)

Arrumar: Maternidade (Mat)

Description

parse_sisma_smi_mat Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_mat(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_mat devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_mat()
## End(Not run)

Arrumar: Programa alargado de vacinação (PAV)

Description

parse_sisma_smi_pav Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_pav(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_pav devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_pav()
## End(Not run)

Arrumar: Planeamento familiar (PF)

Description

parse_sisma_smi_pf Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_pf(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_pf devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_pf()
## End(Not run)

Arrumar: Planeamento familiar (PF) integrado

Description

parse_sisma_smi_pf_int Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_pf_int(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_pf_int devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_pf_int()
## End(Not run)

Arrumar: Urgência de ginecológica (UG)

Description

parse_sisma_smi_ug Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ug(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ug devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_ug()
## End(Not run)

Processar: Carga Viral (CV) da DISA OpenLDR

Description

Processar: Carga Viral (CV) da DISA OpenLDR

Usage

process_disa_cv(file, month)

Arguments

file

Caminho do ficheiro CV .xlsx

month

Mês dos dados CV (formatado “AAAA-MM-DD”)

Value

Um quadro de dados arrumado dos resultados do CV

Examples

## Not run: 

 df <- process_disa_cv()
## End(Not run)

Processar: Diagnóstico precoce infantil (DPI) da DISA OpenLDR

Description

Processar: Diagnóstico precoce infantil (DPI) da DISA OpenLDR

Usage

process_disa_dpi(file, period, type = "new")

Arguments

file

Caminho do ficheiro DPI .xlsx

period

Mês dos dados DPI (formatado “AAAA-MM-DD”)

type

Tipo de ficheiro de dados DPI a arrumar (“new” ou “old”)

Value

Um quadro de dados arrumado dos resultados do DPI

Examples

## Not run: 

 df <- process_disa_dpi()
## End(Not run)

Processar: Naomi 'indicators' .csv

Description

process_naomi processa ficheiros .csv da Naomi e junta metadados para facilitar mapeamento geoespacial de indicadores

Usage

process_naomi(
  filename,
  quarter_lab = c("September 2023"),
  area_level_lab = c("Distrito")
)

Arguments

filename

Caminho para Naomi .csv

quarter_lab

Define o trimestre para o qual as estimativas dos indicadores serão extraídas

area_level_lab

Define o nível geográfico das estimativas geradas

Value

process_naomi devolve um objeto de dados que contém resultados do indicador Naomi deduplicados

Examples

## Not run: 

 df <- process_naomi(df)
## End(Not run)

Processar: Projecções demográficas distritais do INE

Description

process_pop_ine usa um vector de ficheiros contendo projecções demográficas distritais do INE processando eles num único ficheiro arrumado

Usage

process_pop_ine(
  file_inventory,
  input_sheets,
  age_level = "Exact",
  output_type = "MISAU"
)

Arguments

file_inventory

vector de ficheiros populacionais do INE em formato .xlsx

input_sheets

vector (em caracteres) dos anos do ficheiro para inclusão no processamento

age_level

Nível de pormenor da idade no quadro de dados arrumado (“Exato” por defeito com opção para “Agrupado” para faixas etárias de 5 anos)

output_type

formato do provincia (por defeito "MISAU")

Value

process_pop_ine devolve um quadro de dados arrumado com 9 colunas

Examples

## Not run: 

 df <- process_pop_ine()
## End(Not run)

Processar: Dados em formato .csv do SISMA

Description

process_sisma_csv é uma função que limpa e transforma as exportações tabulares do SISMA guardadas localmente no formato .csv [Superseded] process_sisma_csv foi substituído a favor de process_sisma_export

Tipos de ficheiros de entrada

  • SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil

  • SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil

  • SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil

  • SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil

  • SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil

  • ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV

  • ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV

  • ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV

  • ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven

  • ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente

  • ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)

  • ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV

  • HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV

  • HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV

  • HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV

  • HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV

  • HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora

  • HIV DAH: Doenca Avancada do HIV

Usage

process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")

Arguments

file

Caminho do ficheiro csv do sisma

type

Tipo de exportação sisma csv (SMI-CPN, Resultado ATS, etc.)

language

Lingua dos nomes das variáveis geradas (português ou inglês)

Value

Um quadro de dados arrumado dos resultados SISMA

Examples

## Not run: 

 df <- process_sisma_csv()
## End(Not run)

Processar: Dados em formato .csv do SISMA

Description

process_sisma_export() S para uma exportação SISMA csv em bruto e executa várias acções de processamento, incluindo arrumação e criação de caraterísticas de dados.

Usage

process_sisma_export(filename, language = "portuguese")

Arguments

filename

Caminho do ficheiro .csv exportado do SISMA

language

Linga dos nomes das variáveis no quadro gerado (português ou inglês)

Value

devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- process_sisma_export()
## End(Not run)

Lê dados de exemplo no ambiente R

Description

Lê dados de exemplo no ambiente R

Usage

read_example_csv(example_data)

Arguments

example_data

Nome dos dados de exemplo gravado no sismar

Value

read_example_csv Quadro de dados de exemplo

Examples

## Not run: 

 df <- example_data()
## End(Not run)

Recodificar a idade em faixas etárias de cinco anos

Description

Recodificar a idade em faixas etárias de cinco anos

Usage

recode_ine_age(df)

Arguments

df

quadro de dados INE ja no ambiente R

Value

recode_ine_age devolve um quadro de dados com ano categorizado em faixas etárias de cinco anos

Examples

## Not run: 

 df <- recode_ine_age()
## End(Not run)

Reordena variáveis em sequência padrão

Description

Reordena variáveis em sequência padrão

Usage

seq_vars(df)

Arguments

df

Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão

Value

devolve um quadro de dados arrumado com 16 variáveis reordenados

Examples

## Not run: 

 df <- seq_vars()
## End(Not run)

Define a lingua dos variáveis no quadro gerado

Description

Define a lingua dos variáveis no quadro gerado

Usage

set_language(df, language = "portuguese")

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

language

Língua desejada ("portuguese" ou "english")

Value

Quadro de dados arrumado com nomes das variáveis na lingua desejada

Examples

## Not run: 

 df <- set_language()
## End(Not run)

Cria uma estrutura padrão de pastas

Description

Cria uma estrutura padrão de pastas

Usage

setup_sismar_folder(
  folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine",
    "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images",
    "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics",
    "markdown")
)

Arguments

folder_list

lista de pastas a instalar

Value

Um conjunto padrão de pastas no projeto para utilizar com as funções sismar

Examples

## Not run: 

 setup_sismar_folder()
## End(Not run)