| Title: | Arrumar dados SISMA |
|---|---|
| Description: | Fornece um conjunto de funções para a criação de conjuntos de dados analíticos a partir de downloads do SISMA e DISA. Inclui funções que arrumam os ficheiros para um formato longo, removem variáveis desnecessárias, e criam colunas úteis para a análise. |
| Authors: | Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut] |
| Maintainer: | Joe Lara <[email protected]> |
| License: | MIT + file LICENSE |
| Version: | 1.1.0 |
| Built: | 2026-05-18 09:48:56 UTC |
| Source: | https://github.com/usaid-mozambique/sismar |
parse
Adiciona variáveis em falta nos quadros arrumados pelas funções parse
add_missing_vars(df)add_missing_vars(df)
df |
Objecto quadro de dados processado pela família de funções |
Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão
## Not run: df <- add_missing_vars() ## End(Not run)## Not run: df <- add_missing_vars() ## End(Not run)
attach_meta_coord Une as coordenadas geográficas da unidade sanitária gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")
df |
Dataframe já transformado através de |
sheetname |
Nome da folha do MISAU_Site_Map |
Dataframe contendo coordenadas geográficas das unidades sanitárias
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
attach_meta_mq Une iniciativas de melhoria da qualidade gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_mq(df)attach_meta_mq(df)
df |
Dataframe limpo através de |
Um objeto de dados que contém metadados MQ
## Not run: df <- attach_meta_mq(df) ## End(Not run)## Not run: df <- attach_meta_mq(df) ## End(Not run)
attach_meta_partner Une informações sobre o apoio dos parceiros gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")
df |
Quandro de dados limpo através de |
sheetname |
Nome da folha do PCMD_Site_Map |
Quadro de dados contendo coluna que indica o apoio dos parceiros
## Not run: df <- attach_meta_partner(df) ## End(Not run)## Not run: df <- attach_meta_partner(df) ## End(Not run)
attach_meta_pepfar_ip Une informações sobre o apoio dos parceiros PEPFAR gravadas no pacote sismar ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_pepfar_ip(df)attach_meta_pepfar_ip(df)
df |
Quadro de dados limpo através de |
Quadro de dados contendo coluna que indica o apoio dos parceiros PEPFAR
## Not run: df <- attach_meta_pepfar_ip(df) ## End(Not run)## Not run: df <- attach_meta_pepfar_ip(df) ## End(Not run)
attach_meta_uid Une informações dos UIDs das provincias e distritos
attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")
df |
Quadro de dados limpo através de |
sheetname |
Nome da folha do MISAU_Site_Map |
Quadro de dados contendo colunas para metadados das provincias e distritos
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
Mapear ficheiro de insumo ao modelo de processamento
check_exact_match(df_vars, template_vars)check_exact_match(df_vars, template_vars)
df_vars |
variáveis de dataframe |
template_vars |
variáveis dos modelos de referência |
matriz de correspondência
## Not run: df <- check_exact_match() ## End(Not run)## Not run: df <- check_exact_match() ## End(Not run)
Função auxiliar para recodificar o quadro de dados DISA
clean_disa_dpi(df)clean_disa_dpi(df)
df |
Quadro de dados semi-processado transmitido através de process_disa_dpi |
Quadro de dados DISA recodificado
## Not run: df <- clean_disa_dpi() ## End(Not run)## Not run: df <- clean_disa_dpi() ## End(Not run)
clean_sisma_csv() importa um ficheiro .csv bruto de SISMA e devolve um objecto transformado numa estrutura longa, cria uma coluna de período formatada e devolve um objeto de dados com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)
clean_sisma_csv foi substituída por clean_sisma_df
clean_sisma_csv(file)clean_sisma_csv(file)
file |
Caminho para um ficheiro .csv exportado do SISMA que contém variáveis de elementos no horizontal e período e unidades organizacionais no vertical |
clean_sisma_csv() devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)
## Not run: df <- clean_sisma_csv() ## End(Not run)## Not run: df <- clean_sisma_csv() ## End(Not run)
clean_sisma_df() pega num objecto de dados importado através de process_sisma_export e devolve-o transformado numa estrutura longa, cria uma coluna de período formatada e devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas
clean_sisma_df(df)clean_sisma_df(df)
df |
um objecto de dados importado através de |
clean_sisma_df() devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)
## Not run: df <- clean_sisma_df() ## End(Not run)## Not run: df <- clean_sisma_df() ## End(Not run)
Mapa de UID para ligação entre DISA, SISMA e DATIM
data(data_disa_uid_map)data(data_disa_uid_map)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
UID DISA (e.g. CHAEM)
UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)
UID DATIM (e.g. jIem8wI1Rx)
Mapa para ligar os códigos de forma da província e do distrito aos dados SISMA
data(data_sisma_geo_above_site)data(data_sisma_geo_above_site)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
Provincia
UID da provincia
Distrito
UID do distrito
Distrito no ficheiro INE
Mapa para ligar as coordenadas geográficas aos dados das unidades de saúde SISMA
data(data_sisma_geo_sites)data(data_sisma_geo_sites)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)
Latitude geográfica
Longitude geográfica
Lista de unidades sanitárias SISMA
data(data_sisma_sitelist)data(data_sisma_sitelist)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)
Provincia
Distrito
Unidade Sanitária
Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA
id_check_disa(df, period_window = 6)id_check_disa(df, period_window = 6)
df |
Dataframe já processado por |
period_window |
Número de meses analisados do dataframe providenciado (contado a partir do mês mais recente) |
Dataframe com 1) UID DISA sem UID SISMA correspondentes; e 2) UID SISMA com múltiplos UID DISA
## Not run: df <- id_check_disa() ## End(Not run)## Not run: df <- id_check_disa() ## End(Not run)
Importar quadro de dados populacionais INE
load_pop_ine(filename, input_tabs)load_pop_ine(filename, input_tabs)
filename |
utiliza um caminho fornecido pelo utilizador |
input_tabs |
anos no ficheiro a ser processado |
um quadro contendo dados para os anos específicos
## Not run: df <- load_pop_ine() ## End(Not run)## Not run: df <- load_pop_ine() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_auto Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_auto(df)parse_sisma_ats_auto(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_auto devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_auto() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_auto() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_ccsd Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_ccsd(df)parse_sisma_ats_ccsd(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_ccsd devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_ccsd() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_ccsd() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_history Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_history(df)parse_sisma_ats_history(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_history devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_history() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_history() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_index Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_index(df)parse_sisma_ats_index(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_index devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_index() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_index() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_results Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_results(df)parse_sisma_ats_results(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_results devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_results() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_results() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_saaj_cm Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_saaj_cm(df)parse_sisma_ats_saaj_cm(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_saaj_cm devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_saaj_cm() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_saaj_cm() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_smi Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_smi(df)parse_sisma_ats_smi(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_smi devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_smi() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_ats_smi() ## End(Not run)
parse_sisma_bes Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_bes(df)parse_sisma_bes(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_bes devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_bes() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_bes() ## End(Not run)
parse_sisma_csv função auxiliar que chama a função apropriada
com base no argumento definido pelo utilizador
SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil
SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil
SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil
SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil
SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil
SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil
SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil
SMI-PF: PF, Saude Materna Infantil
SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil
ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV
ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV
ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV
ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven
ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente
ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)
ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV
HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV
HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV
HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV
HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV
HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora
HIV DAH: Doenca Avancada do HIV
parse_sisma_csv(data, type)parse_sisma_csv(data, type)
data |
Caminho para o ficheiro de dados SISMA (guardado em formato .csv) |
type |
Define o tipo de dados programáticos para processamento |
parse_sisma_csv devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_csv() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_csv() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_ajmhcmm Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_ajmhcmm devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_apss Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_apss(df)parse_sisma_hiv_apss(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_apss devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_apss() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_hiv_apss() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_dah Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_dah(df)parse_sisma_hiv_dah(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_dah devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_dah() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_hiv_dah() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_its Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_its(df)parse_sisma_hiv_its(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_its devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_its() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_hiv_its() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_prep Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_prep(df)parse_sisma_hiv_prep(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_prep devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_prep() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_hiv_prep() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_tarv Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_tarv(df)parse_sisma_hiv_tarv(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_tarv devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_tarv() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_hiv_tarv() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpp Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccd(df)parse_sisma_smi_ccd(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccd devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ccr Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccr(df)parse_sisma_smi_ccr(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccr devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccr() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccr() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ccs Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccs(df)parse_sisma_smi_ccs(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccs devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccs() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccs() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpn Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_cpn(df)parse_sisma_smi_cpn(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_cpn devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpn() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpn() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpp Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_cpp(df)parse_sisma_smi_cpp(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_cpp devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_mat Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_mat(df)parse_sisma_smi_mat(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_mat devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_mat() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_mat() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pav Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pav(df)parse_sisma_smi_pav(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pav devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pav() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_pav() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pf Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pf(df)parse_sisma_smi_pf(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pf devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pf_int Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pf_int(df)parse_sisma_smi_pf_int(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pf_int devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf_int() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf_int() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ug Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ug(df)parse_sisma_smi_ug(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ug devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ug() ## End(Not run)## Not run: df <- parse_sisma_smi_ug() ## End(Not run)
Processar: Carga Viral (CV) da DISA OpenLDR
process_disa_cv(file, month)process_disa_cv(file, month)
file |
Caminho do ficheiro CV .xlsx |
month |
Mês dos dados CV (formatado “AAAA-MM-DD”) |
Um quadro de dados arrumado dos resultados do CV
## Not run: df <- process_disa_cv() ## End(Not run)## Not run: df <- process_disa_cv() ## End(Not run)
Processar: Diagnóstico precoce infantil (DPI) da DISA OpenLDR
process_disa_dpi(file, period, type = "new")process_disa_dpi(file, period, type = "new")
file |
Caminho do ficheiro DPI .xlsx |
period |
Mês dos dados DPI (formatado “AAAA-MM-DD”) |
type |
Tipo de ficheiro de dados DPI a arrumar (“new” ou “old”) |
Um quadro de dados arrumado dos resultados do DPI
## Not run: df <- process_disa_dpi() ## End(Not run)## Not run: df <- process_disa_dpi() ## End(Not run)
process_naomi processa ficheiros .csv da Naomi e junta metadados para facilitar mapeamento geoespacial de indicadores
process_naomi( filename, quarter_lab = c("September 2023"), area_level_lab = c("Distrito") )process_naomi( filename, quarter_lab = c("September 2023"), area_level_lab = c("Distrito") )
filename |
Caminho para Naomi .csv |
quarter_lab |
Define o trimestre para o qual as estimativas dos indicadores serão extraídas |
area_level_lab |
Define o nível geográfico das estimativas geradas |
process_naomi devolve um objeto de dados que contém resultados do indicador Naomi deduplicados
## Not run: df <- process_naomi(df) ## End(Not run)## Not run: df <- process_naomi(df) ## End(Not run)
process_pop_ine usa um vector de ficheiros contendo projecções demográficas distritais do INE processando eles num único ficheiro arrumado
process_pop_ine( file_inventory, input_sheets, age_level = "Exact", output_type = "MISAU" )process_pop_ine( file_inventory, input_sheets, age_level = "Exact", output_type = "MISAU" )
file_inventory |
vector de ficheiros populacionais do INE em formato .xlsx |
input_sheets |
vector (em caracteres) dos anos do ficheiro para inclusão no processamento |
age_level |
Nível de pormenor da idade no quadro de dados arrumado (“Exato” por defeito com opção para “Agrupado” para faixas etárias de 5 anos) |
output_type |
formato do provincia (por defeito "MISAU") |
process_pop_ine devolve um quadro de dados arrumado com 9 colunas
## Not run: df <- process_pop_ine() ## End(Not run)## Not run: df <- process_pop_ine() ## End(Not run)
process_sisma_csv é uma função que limpa e transforma as exportações tabulares do SISMA guardadas localmente no formato .csv
process_sisma_csv foi substituído a favor de process_sisma_export
SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil
SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil
SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil
SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil
SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil
SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil
SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil
SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil
ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV
ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV
ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV
ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven
ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente
ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)
ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV
HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV
HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV
HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV
HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV
HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora
HIV DAH: Doenca Avancada do HIV
process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")
file |
Caminho do ficheiro csv do sisma |
type |
Tipo de exportação sisma csv (SMI-CPN, Resultado ATS, etc.) |
language |
Lingua dos nomes das variáveis geradas (português ou inglês) |
Um quadro de dados arrumado dos resultados SISMA
## Not run: df <- process_sisma_csv() ## End(Not run)## Not run: df <- process_sisma_csv() ## End(Not run)
process_sisma_export() S para uma exportação SISMA csv em bruto e executa várias acções de processamento, incluindo arrumação e criação de caraterísticas de dados.
process_sisma_export(filename, language = "portuguese")process_sisma_export(filename, language = "portuguese")
filename |
Caminho do ficheiro .csv exportado do SISMA |
language |
Linga dos nomes das variáveis no quadro gerado (português ou inglês) |
devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- process_sisma_export() ## End(Not run)## Not run: df <- process_sisma_export() ## End(Not run)
Lê dados de exemplo no ambiente R
read_example_csv(example_data)read_example_csv(example_data)
example_data |
Nome dos dados de exemplo gravado no |
read_example_csv Quadro de dados de exemplo
## Not run: df <- example_data() ## End(Not run)## Not run: df <- example_data() ## End(Not run)
Recodificar a idade em faixas etárias de cinco anos
recode_ine_age(df)recode_ine_age(df)
df |
quadro de dados INE ja no ambiente R |
recode_ine_age devolve um quadro de dados com ano categorizado em faixas etárias de cinco anos
## Not run: df <- recode_ine_age() ## End(Not run)## Not run: df <- recode_ine_age() ## End(Not run)
Reordena variáveis em sequência padrão
seq_vars(df)seq_vars(df)
df |
Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão |
devolve um quadro de dados arrumado com 16 variáveis reordenados
## Not run: df <- seq_vars() ## End(Not run)## Not run: df <- seq_vars() ## End(Not run)
Define a lingua dos variáveis no quadro gerado
set_language(df, language = "portuguese")set_language(df, language = "portuguese")
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
language |
Língua desejada ("portuguese" ou "english") |
Quadro de dados arrumado com nomes das variáveis na lingua desejada
## Not run: df <- set_language() ## End(Not run)## Not run: df <- set_language() ## End(Not run)
Cria uma estrutura padrão de pastas
setup_sismar_folder( folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine", "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images", "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics", "markdown") )setup_sismar_folder( folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine", "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images", "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics", "markdown") )
folder_list |
lista de pastas a instalar |
Um conjunto padrão de pastas no projeto para utilizar com as funções sismar
## Not run: setup_sismar_folder() ## End(Not run)## Not run: setup_sismar_folder() ## End(Not run)