Title: | Arrumar dados SISMA |
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Description: | Fornece um conjunto de funções para a criação de conjuntos de dados analíticos a partir de downloads do SISMA e DISA. Inclui funções que arrumam os ficheiros para um formato longo, removem variáveis desnecessárias, e criam colunas úteis para a análise. |
Authors: | Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut] |
Maintainer: | Joe Lara <[email protected]> |
License: | MIT + file LICENSE |
Version: | 1.1.0 |
Built: | 2025-03-05 15:23:34 UTC |
Source: | https://github.com/usaid-mozambique/sismar |
parse
Função auxiliar que adiciona variáveis em falta nos quadros arrumados pelas funções parse
add_missing_vars(df)
add_missing_vars(df)
df |
Objecto quadro de dados processado pela família de funções |
Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão
## Not run: df <- add_missing_vars() ## End(Not run)
## Not run: df <- add_missing_vars() ## End(Not run)
attach_meta_coord
Une as coordenadas geográficas da unidade sanitária gravadas no pacote sismar
ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")
attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")
df |
Dataframe já transformado através de |
sheetname |
Nome da folha do MISAU_Site_Map |
Dataframe contendo coordenadas geográficas das unidades sanitárias
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
attach_meta_mq
Une iniciativas de melhoria da qualidade gravadas no pacote sismar
ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_mq(df)
attach_meta_mq(df)
df |
Dataframe limpo através de |
Um objeto de dados que contém metadados MQ
## Not run: df <- attach_meta_mq(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_mq(df) ## End(Not run)
attach_meta_partner
Une informações sobre o apoio dos parceiros gravadas no pacote sismar
ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")
attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")
df |
Dataframe limpo através de |
sheetname |
Nome da folha do PCMD_Site_Map |
A dataframe containing partner metadata
## Not run: df <- attach_meta_partner(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_partner(df) ## End(Not run)
attach_meta_pepfar_ip
Une informações sobre o apoio dos parceiros PEPFAR gravadas no pacote sismar
ao objeto de dados introduzido pelo utilizador
attach_meta_pepfar_ip(df)
attach_meta_pepfar_ip(df)
df |
Dataframe cleaned via reshape_sisma |
A dataframe containing partner metadata
## Not run: df <- attach_meta_pepfar_ip(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_pepfar_ip(df) ## End(Not run)
attach_meta_uid
utilizes stored user credentials to access
a GoogleSheet where province and district uid metadata is
stored.
attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")
attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")
df |
Dataframe cleaned via reshape_sisma |
sheetname |
Sheet name from the MISAU_Site_Map |
A dataframe containing site metadata
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
Função auxiliar para mapear ficheiro de insumo ao modelo de processamento
check_exact_match(df_vars, template_vars)
check_exact_match(df_vars, template_vars)
df_vars |
variáveis de dataframe |
template_vars |
variáveis dos modelos de referência |
matriz de correspondência
## Not run: df <- check_exact_match() ## End(Not run)
## Not run: df <- check_exact_match() ## End(Not run)
Função auxiliar para recodificar o quadro de dados DISA
clean_disa_dpi(df)
clean_disa_dpi(df)
df |
Quadro de dados semi-processado transmitido através de process_disa_dpi |
Quadro de dados DISA recodificado
## Not run: df <- clean_disa_dpi() ## End(Not run)
## Not run: df <- clean_disa_dpi() ## End(Not run)
clean_sisma_csv()
importa um ficheiro .csv bruto de SISMA e devolve um objecto transformado numa estrutura longa, cria uma coluna de período formatada e devolve um objeto de dados com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)
clean_sisma_csv
foi substituída por clean_sisma_df
clean_sisma_csv(file)
clean_sisma_csv(file)
file |
Caminho para um ficheiro .csv exportado do SISMA que contém variáveis de elementos no horizontal e período e unidades organizacionais no vertical |
clean_sisma_csv()
devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)
## Not run: df <- clean_sisma_csv() ## End(Not run)
## Not run: df <- clean_sisma_csv() ## End(Not run)
clean_sisma_df()
pega num objecto de dados importado através de process_sisma_export
e devolve-o transformado numa estrutura longa, cria uma coluna de período formatada e devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas
clean_sisma_df(df)
clean_sisma_df(df)
df |
um objecto de dados importado através de |
clean_sisma_df()
devolve um objeto de dados limpo com 7 colunas (período, província, distrito, us, sisma_uid, indicador e valor)
## Not run: df <- clean_sisma_df() ## End(Not run)
## Not run: df <- clean_sisma_df() ## End(Not run)
Mapa de UID para ligação entre DISA, SISMA e DATIM
data(data_disa_uid_map)
data(data_disa_uid_map)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
UID DISA (e.g. CHAEM)
UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)
UID DATIM (e.g. jIem8wI1Rx)
Mapa para ligar os códigos de forma da província e do distrito aos dados SISMA
data(data_sisma_geo_above_site)
data(data_sisma_geo_above_site)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
Provincia
UID da provincia
Distrito
UID do distrito
Mapa para ligar as coordenadas geográficas aos dados das unidades de saúde SISMA
data(data_sisma_geo_sites)
data(data_sisma_geo_sites)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)
Latitude geográfica
Longitude geográfica
Lista de unidades sanitárias SISMA
data(data_sisma_sitelist)
data(data_sisma_sitelist)
Uma lista das variáveis incluídas no objecto de dados
UID SISMA (e.g. x9jhds3ie6)
Provincia
Distrito
Unidade Sanitária
Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA
id_check_disa(df, period_window = 6)
id_check_disa(df, period_window = 6)
df |
Dataframe já processado por |
period_window |
Número de meses analisados do dataframe providenciado (contado a partir do mês mais recente) |
Dataframe com 1) UID DISA sem UID SISMA correspondentes; e 2) UID SISMA com múltiplos UID DISA
## Not run: df <- id_check_disa() ## End(Not run)
## Not run: df <- id_check_disa() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_auto
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_auto(df)
parse_sisma_ats_auto(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_auto
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_auto() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_auto() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_ccsd
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_ccsd(df)
parse_sisma_ats_ccsd(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_ccsd
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_ccsd() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_ccsd() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_history
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_history(df)
parse_sisma_ats_history(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_history
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_history() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_history() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_index
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_index(df)
parse_sisma_ats_index(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_index
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_index() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_index() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_results
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_results(df)
parse_sisma_ats_results(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_results
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_results() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_results() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_saaj_cm
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_saaj_cm(df)
parse_sisma_ats_saaj_cm(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_saaj_cm
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_saaj_cm() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_saaj_cm() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_smi
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_smi(df)
parse_sisma_ats_smi(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_smi
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_smi() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_smi() ## End(Not run)
parse_sisma_csv
função auxiliar que chama a função apropriada
com base no argumento definido pelo utilizador
SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil
SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil
SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil
SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil
SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil
SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil
SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil
SMI-PF: PF, Saude Materna Infantil
SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil
ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV
ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV
ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV
ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven
ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente
ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)
ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV
HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV
HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV
HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV
HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV
HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora
HIV DAH: Doenca Avancada do HIV
parse_sisma_csv(data, type)
parse_sisma_csv(data, type)
data |
Caminho para o ficheiro de dados SISMA (guardado em formato .csv) |
type |
Define o tipo de dados programáticos para processamento |
parse_sisma_csv
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_csv() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_csv() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_ajmhcmm
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)
parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_ajmhcmm
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_apss
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_apss(df)
parse_sisma_hiv_apss(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_apss
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_apss() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_apss() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_dah
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_dah(df)
parse_sisma_hiv_dah(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_dah
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_dah() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_dah() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_its
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_its(df)
parse_sisma_hiv_its(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_its
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_its() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_its() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_prep
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_prep(df)
parse_sisma_hiv_prep(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_prep
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_prep() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_prep() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_tarv
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_tarv(df)
parse_sisma_hiv_tarv(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_tarv
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_tarv() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_tarv() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpp
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccd(df)
parse_sisma_smi_ccd(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccd
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ccr
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccr(df)
parse_sisma_smi_ccr(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccr
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccr() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccr() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ccs
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccs(df)
parse_sisma_smi_ccs(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccs
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccs() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccs() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpn
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_cpn(df)
parse_sisma_smi_cpn(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_cpn
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpn() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpn() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpp
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_cpp(df)
parse_sisma_smi_cpp(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_cpp
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_mat
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_mat(df)
parse_sisma_smi_mat(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_mat
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_mat() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_mat() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pav
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pav(df)
parse_sisma_smi_pav(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pav
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pav() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pav() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pf
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pf(df)
parse_sisma_smi_pf(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pf
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pf_int
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pf_int(df)
parse_sisma_smi_pf_int(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pf_int
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf_int() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf_int() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ug
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ug(df)
parse_sisma_smi_ug(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ug
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ug() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ug() ## End(Not run)
Processar: Carga Viral (CV) da DISA OpenLDR
process_disa_cv(file, month)
process_disa_cv(file, month)
file |
Caminho do ficheiro CV .xlsx |
month |
Mês dos dados CV (formatado “AAAA-MM-DD”) |
Um quadro de dados arrumado dos resultados do CV
## Not run: df <- process_disa_cv() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_disa_cv() ## End(Not run)
Processar: Diagnóstico precoce infantil (DPI) da DISA OpenLDR
process_disa_dpi(file, period, type = "new")
process_disa_dpi(file, period, type = "new")
file |
Caminho do ficheiro DPI .xlsx |
period |
Mês dos dados DPI (formatado “AAAA-MM-DD”) |
type |
Tipo de ficheiro de dados DPI a arrumar (“new” ou “old”) |
Um quadro de dados arrumado dos resultados do DPI
## Not run: df <- process_disa_dpi() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_disa_dpi() ## End(Not run)
process_naomi
processa ficheiros .csv da Naomi e junta metadados para facilitar mapeamento geoespacial de indicadores
process_naomi( filename, quarter_lab = c("September 2023"), area_level_lab = c("Distrito") )
process_naomi( filename, quarter_lab = c("September 2023"), area_level_lab = c("Distrito") )
filename |
Caminho para Naomi .csv |
quarter_lab |
Define o trimestre para o qual as estimativas dos indicadores serão extraídas |
area_level_lab |
Define o nível geográfico das estimativas geradas |
process_naomi
devolve um objeto de dados que contém resultados do indicador Naomi deduplicados
## Not run: df <- process_naomi(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- process_naomi(df) ## End(Not run)
process_sisma_csv
é uma função que limpa e transforma as exportações tabulares do SISMA guardadas localmente no formato .csv
process_sisma_csv
foi substituído a favor de process_sisma_export
SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil
SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil
SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil
SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil
SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil
SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil
SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil
SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil
ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV
ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV
ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV
ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven
ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente
ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)
ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV
HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV
HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV
HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV
HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV
HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora
HIV DAH: Doenca Avancada do HIV
process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")
process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")
file |
Caminho do ficheiro csv do sisma |
type |
Tipo de exportação sisma csv (SMI-CPN, Resultado ATS, etc.) |
language |
Lingua dos nomes das variáveis geradas (português ou inglês) |
Um quadro de dados arrumado dos resultados SISMA
## Not run: df <- process_sisma_csv() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_sisma_csv() ## End(Not run)
process_sisma_export()
utiliza um caminho fornecido pelo utilizador para uma exportação SISMA csv em bruto e executa várias acções de processamento, incluindo arrumação e criação de caraterísticas de dados.
process_sisma_export(filename, language = "portuguese")
process_sisma_export(filename, language = "portuguese")
filename |
Caminho do ficheiro .csv exportado do SISMA |
language |
Linga dos nomes das variáveis no quadro gerado (português ou inglês) |
devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- process_sisma_export() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_sisma_export() ## End(Not run)
Função auxiliar que lê dados de exemplo no ambiente R
read_example_csv(example_data)
read_example_csv(example_data)
example_data |
Nome dos dados de exemplo gravado no |
read_example_csv
Quadro de dados de exemplo
## Not run: df <- example_data() ## End(Not run)
## Not run: df <- example_data() ## End(Not run)
Função auxiliar que reordena variáveis em sequência padrão
seq_vars(df)
seq_vars(df)
df |
Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão |
devolve um quadro de dados arrumado com 16 variáveis reordenados
## Not run: df <- seq_vars() ## End(Not run)
## Not run: df <- seq_vars() ## End(Not run)
Função auxiliar que define a lingua dos variáveis no quadro gerado
set_language(df, language = "portuguese")
set_language(df, language = "portuguese")
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
language |
Língua desejada ("portuguese" ou "english") |
Quadro de dados arrumado com nomes das variáveis na lingua desejada
## Not run: df <- set_language() ## End(Not run)
## Not run: df <- set_language() ## End(Not run)
Função auxiliar que cria uma estrutura padrão de pastas
setup_sismar_folder( folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine", "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images", "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics", "markdown") )
setup_sismar_folder( folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine", "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images", "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics", "markdown") )
folder_list |
lista de pastas a instalar |
Um conjunto padrão de pastas no projeto para utilizar com as funções sismar
## Not run: setup_sismar_folder() ## End(Not run)
## Not run: setup_sismar_folder() ## End(Not run)