Package 'sismar'

Title: Transform tabular export files from SISMA
Description: Provides a set of functions for creating analytical datasets from SISMA CSV downloads. This includes functions that reshape files into long format, remove unnecessary variables, and engineer features useful in analysis.
Authors: Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut]
Maintainer: Joe Lara <[email protected]>
License: MIT + file LICENSE
Version: 1.1.0
Built: 2025-02-14 07:19:20 UTC
Source: https://github.com/usaid-mozambique/sismar

Help Index


Adicionar variáveis faltando no quadro de dados arrumado pela família de funções parse

Description

Adicionar variáveis faltando no quadro de dados arrumado pela família de funções parse

Usage

add_missing_vars(df)

Arguments

df

Objecto quadro de dados processado pela família de funções parse

Value

Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão

Examples

## Not run: 

 df <- add_missing_vars()
## End(Not run)

Anexar coordenadas geográficas das unidades sanitárias

Description

attach_meta_coord utiliza as credenciais de utilizador armazenadas para aceder a uma folha de cálculo do Google onde as coordenadas geográficas das unidades de saúde estão armazenadas.

Usage

attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")

Arguments

df

Dataframe já transformado através de process_sisma_csv ou process_sisma_export

sheetname

Nome da folha do MISAU_Site_Map

Value

Dataframe contendo coordenadas geográficas das unidades sanitárias

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_uid(df)
## End(Not run)

Retreive and attach MQ metadata

Description

attach_meta_mq utilizes stored user credentials to access a GoogleSheet where province and district uid metadata is stored.

Usage

attach_meta_mq(df)

Arguments

df

Dataframe cleaned via reshape_sisma

Value

A dataframe containing mq metadata

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_mq(df)
## End(Not run)

Retreive and attach partner metadata

Description

attach_meta_partner utilizes stored user credentials to access a GoogleSheet where province and district uid metadata is stored.

Usage

attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")

Arguments

df

Dataframe cleaned via reshape_sisma

sheetname

Sheet name from the PCMD_Site_Map

Value

A dataframe containing partner metadata

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_partner(df)
## End(Not run)

Retreive and attach partner metadata

Description

attach_meta_pepfar_ip utilizes stored user credentials to access a GoogleSheet where province and district uid metadata is stored.

Usage

attach_meta_pepfar_ip(df)

Arguments

df

Dataframe cleaned via reshape_sisma

Value

A dataframe containing partner metadata

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_pepfar_ip(df)
## End(Not run)

Retreive and attach province and district uid metadata

Description

attach_meta_uid utilizes stored user credentials to access a GoogleSheet where province and district uid metadata is stored.

Usage

attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")

Arguments

df

Dataframe cleaned via reshape_sisma

sheetname

Sheet name from the MISAU_Site_Map

Value

A dataframe containing site metadata

Examples

## Not run: 

 df <- attach_meta_uid(df)
## End(Not run)

Helper function to check for input matches against template

Description

Helper function to check for input matches against template

Usage

check_exact_match(df_vars, template_vars)

Arguments

df_vars

dataframe variables

template_vars

reference input variables

Value

matrix of match vs. no match

Examples

## Not run: 

 df <- check_exact_match()
## End(Not run)

Helper function for recoding DISA dataframe

Description

Helper function for recoding DISA dataframe

Usage

clean_disa_dpi(df)

Arguments

df

Semi-processed dataframe passed in via process_disa_dpi

Value

Recoded DISA dataframe

Examples

## Not run: 

 df <- clean_disa_dpi()
## End(Not run)

Clean SISMA .csv exports

Description

clean_sisma_csv() A helper function that cleans .csv pivot tables exported from SISMA [Superseded] clean_sisma_csv has been superseded in favor of clean_sisma_df

Usage

clean_sisma_csv(file)

Arguments

file

Path to a .csv file exported from SISMA that contains data element variables running wide and period and organizational units running long

Value

clean_sisma_csv() returns an object with 7 columns (period, snu, psnu, sitename, sisma_uid, indicator, value). Unnecessary columns from the input file are removed and a period column coded from the input variable periodcode is created. All numeric data element columns that represent indicator or data element values are pivoted long

Examples

## Not run: 
 df <- clean_sisma_csv()
## End(Not run)

Clean SISMA input file prior to parsing

Description

Clean SISMA input file prior to parsing

Usage

clean_sisma_df(df)

Arguments

df

A dataframe already ingested by process_sisma_export

Value

Cleaned SISMA dataframe

Examples

## Not run: 

 df <- clean_sisma_df()
## End(Not run)

UID map for linking DISA, SISMA and DATIM

Description

List of indicators

Usage

data(data_disa_uid_map)

Format

A list of the variables included in the site list

data_disa_uid_map

disa_uid

data_disa_uid_map

sisma_uid

data_disa_uid_map

datim_uid


Map for linking province and district shape codes to SISMA data

Description

List of indicators

Usage

data(data_sisma_geo_above_site)

Format

A list of the variables included in the site list

data_sisma_geo_above_site

provincia

data_sisma_geo_above_site

snuuid

data_sisma_geo_above_site

distrito

data_sisma_geo_above_site

psnuuid


Map for linking geocoordinates to SISMA health facility data

Description

List of indicators

Usage

data(data_sisma_geo_sites)

Format

A list of the variables included in the site list

data_sisma_geo_sites

sisma_uid

data_sisma_geo_sites

latitude

data_sisma_geo_sites

longitude


Deduplicated SISMA site list

Description

List of indicators

Usage

data(data_sisma_sitelist)

Format

A list of the variables included in the site list

data_sisma_sitelist

sisma_uid

data_sisma_sitelist

provincia

data_sisma_sitelist

distrito

data_sisma_sitelist

us


Deduplicate Naomi CSV file

Description

dedup_naomi Deduplicates Naomi CSV file and maps in snu1uid and psnuuid so that modeled indicator results can be plotted geographically more easily

Usage

dedup_naomi(
  filename,
  quarter_lab = c("September 2023"),
  area_level_lab = c("Distrito")
)

Arguments

filename

Path to Naomi CSV output

quarter_lab

Define quarter for Naomi output

area_level_lab

Define geography level for Naomi output

Value

A dataframe containing deduplicated Naomi indicator results

Examples

## Not run: 

 df <- dedup_naomi(df)
## End(Not run)

Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA para investigação

Description

Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA para investigação

Usage

id_check_disa(df, period_window = 6)

Arguments

df

Dataframe já processado por process_disa_cv ou process_disa_dpi

period_window

Número de meses analisados do dataframe providenciado (contado a partir do mês mais recente)

Value

Dataframe com 1) UID DISA sem UID SISMA correspondentes; e 2) UID SISMA com múltiplos UID DISA

Examples

## Not run: 

 df <- id_check_disa()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de auto-diagnóstico do HIV

Description

parse_sisma_ats_auto Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_auto(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_auto devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_auto()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV nas consultas da criança sadia (CCS) e em risco (CCR)

Description

parse_sisma_ats_ccsd Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_ccsd(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_ccsd devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_ccsd()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV em populações-chave e vulneráveis e dados da historial de testagem do HIV

Description

parse_sisma_ats_history Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_history(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_history devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_history()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV caso índice

Description

parse_sisma_ats_index Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_index(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_index devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_index()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV reportado a partir do registo ATS

Description

parse_sisma_ats_results Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_results(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_results devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_results()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV dos Serviços Amigos dos Adolescentes e Jovens (SAAJ)

Description

parse_sisma_ats_saaj_cm Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_saaj_cm(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_saaj_cm devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_saaj_cm()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de testagem do HIV dos Serviços Saúde Materno-Infantil (SMI)

Description

parse_sisma_ats_smi Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_ats_smi(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_ats_smi devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_ats_smi()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados SISMA por tipo especificado pelo utilizador

Description

parse_sisma_csv função auxiliar que chama a função apropriada com base no argumento definido pelo utilizador

Input File Types

  • SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil

  • SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil

  • SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil

  • SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil

  • SMI-PF: PF, Saude Materna Infantil

  • SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil

  • ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV

  • ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV

  • ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV

  • ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven

  • ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente

  • ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABIAAAASCAYAAABWzo5XAAAAWElEQVR42mNgGPTAxsZmJsVqQApgmGw1yApwKcQiT7phRBuCzzCSDSHGMKINIeDNmWQlA2IigKJwIssQkHdINgxfmBBtGDEBS3KCxBc7pMQgMYE5c/AXPwAwSX4lV3pTWwAAAABJRU5ErkJggg==

  • ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV

  • HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV

  • HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV

  • HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV

  • HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV

  • HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora

  • HIV DAH: Doenca Avancada do HIV

Usage

parse_sisma_csv(data, type)

Arguments

data

Caminho para o ficheiro de dados SISMA (guardado em formato .csv)

type

Define o tipo de dados programáticos para processamento

Value

parse_sisma_csv devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_csv()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de Adolescente joven mentor, homem campeão, mães mentoras

Description

parse_sisma_hiv_ajmhcmm Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_ajmhcmm devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços Apoio Psicossocial (APSS), do PNC ITS-HIV/SIDA

Description

parse_sisma_hiv_apss Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_apss(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_apss devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_apss()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços doença avançada do HIV

Description

parse_sisma_hiv_dah Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_dah(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_dah devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_dah()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de Infecções de Transmissão Sexual (ITS) do PNC ITS-HIV/SIDA

Description

parse_sisma_hiv_its Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_its(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_its devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_its()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de Profilaxia Pré-Exposição (PrEP)

Description

parse_sisma_hiv_prep Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_prep(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_prep devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_prep()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de Tratamento Antiretroviral (TARV)

Description

parse_sisma_hiv_tarv Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_hiv_tarv(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_hiv_tarv devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_hiv_tarv()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta da Criança Doente (CCD)

Description

parse_sisma_smi_cpp Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ccd(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ccd devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_cpp()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta da Criança de Risco (CCR)

Description

parse_sisma_smi_ccr Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ccr(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ccr devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_ccr()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta da Criança Sadia (CCS)

Description

parse_sisma_smi_ccs Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ccs(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ccs devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_ccs()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta Pré-natal (CPN)

Description

parse_sisma_smi_cpn Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_cpn(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_cpn devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_cpn()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços da Consulta Pós-parto (CPP)

Description

parse_sisma_smi_cpp Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_cpp(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_cpp devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_cpp()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços da Maternidade

Description

parse_sisma_smi_mat Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_mat(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_mat devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_mat()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços do Programa Alargado de Vacinação (PAV)

Description

parse_sisma_smi_pav Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_pav(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_pav devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_pav()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços do Planeamento Familiar (PF)

Description

parse_sisma_smi_pf Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_pf(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_pf devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_pf()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços do Planeamento Familiar (PF) Integrado

Description

parse_sisma_smi_pf_int Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_pf_int(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_pf_int devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_pf_int()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados para os serviços de Urgência de Ginecológica

Description

parse_sisma_smi_ug Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.

Usage

parse_sisma_smi_ug(df)

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

Value

parse_sisma_smi_ug devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- parse_sisma_smi_ug()
## End(Not run)

Tidy DISA viral load .xlsx files (extracted from OpenLDR)

Description

Tidy DISA viral load .xlsx files (extracted from OpenLDR)

Usage

process_disa_cv(file, month)

Arguments

file

Path of DISA viral load .xlsx file

month

Month of DISA viral load extract (passed as "%Y-%m-%d")

Value

A tidy dataframe of DISA viral load results

Examples

## Not run: 

 df <- process_disa_cv()
## End(Not run)

Tidy DISA DPI .xlsx files (extracted from OpenLDR)

Description

Tidy DISA DPI .xlsx files (extracted from OpenLDR)

Usage

process_disa_dpi(file, period, type = "new")

Arguments

file

Path of DISA DPI .xlsx file

period

Month of DISA DPI extract (passed as "%Y-%m-%d")

type

Type of DISA data file to tidy ("old" or "new")

Value

A tidy dataframe of DISA DPI results

Examples

## Not run: 

 df <- process_disa_dpi()
## End(Not run)

Create tidy dataframes for user-specified SISMA .csv services

Description

process_sisma_csv is a wrapper function that cleans and transforms SISMA tabular exports saved locally in .csv format [Superseded] process_sisma_csv has been superseded in favor of process_sisma_export

Input File Types

  • SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil

  • SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil

  • SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil

  • SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil

  • SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil

  • SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil

  • ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV

  • ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV

  • ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV

  • ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven

  • ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente

  • ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)

  • ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV

  • HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV

  • HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV

  • HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV

  • HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV

  • HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora

  • HIV DAH: Doenca Avancada do HIV

Usage

process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")

Arguments

file

Path of sisma csv input

type

Type of sisma csv export (SMI-CPN, ATS Result, etc.)

language

Language of output variable names (portuguese or english)

Value

A tidy dataframe of SISMA program results

Examples

## Not run: 

 df <- process_sisma_csv()
## End(Not run)

Arrumar quadros de dados a partir de relatórios padrão SISMA em formato .csv

Description

Arrumar quadros de dados a partir de relatórios padrão SISMA em formato .csv

Usage

process_sisma_export(filename, language = "portuguese")

Arguments

filename

Caminho do ficheiro .csv exportado do SISMA

language

Linga dos nomes das variáveis no quadro gerado (português ou inglês)

Value

devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores

Examples

## Not run: 

 df <- process_sisma_export()
## End(Not run)

função auxiliar que lê dados de exemplo no ambiente R

Description

função auxiliar que lê dados de exemplo no ambiente R

Usage

read_example_csv(example_data)

Arguments

example_data

Nome dos dados de exemplo gravado no sismar

Value

read_example_csv Quadro de dados de exemplo

Examples

## Not run: 

 df <- example_data()
## End(Not run)

Reordenar variáveis padrão

Description

Reordenar variáveis padrão

Usage

seq_vars(df)

Arguments

df

Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão

Value

devolve um quadro de dados arrumado com 16 variáveis reordenados

Examples

## Not run: 

 df <- seq_vars()
## End(Not run)

Função auxiliar que define a lingua dos variáveis no quadro gerado

Description

Função auxiliar que define a lingua dos variáveis no quadro gerado

Usage

set_language(df, language = "portuguese")

Arguments

df

Objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export ou process_sisma_csv

language

Língua desejada ("portuguese" ou "english")

Value

Quadro de dados arrumado com nomes das variáveis na lingua desejada

Examples

## Not run: 

 df <- set_language()
## End(Not run)

Cria uma estrutura organizacional (pastas) que é comum a todos os projectos sismar

Description

Cria uma estrutura organizacional (pastas) que é comum a todos os projectos sismar

Usage

setup_sismar_folder(
  folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine",
    "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images",
    "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics",
    "markdown")
)

Arguments

folder_list

lista de pastas a instalar

Value

Um conjunto padrão de pastas no projeto para utilizar com as funções sismar

Examples

## Not run: 

 setup_sismar_folder()
## End(Not run)