Title: | Transform tabular export files from SISMA |
---|---|
Description: | Provides a set of functions for creating analytical datasets from SISMA CSV downloads. This includes functions that reshape files into long format, remove unnecessary variables, and engineer features useful in analysis. |
Authors: | Joe Lara [aut, cre], Emilton Cumbana [aut], Karishma Srikanth [aut], Kirstin Lyon [aut] |
Maintainer: | Joe Lara <[email protected]> |
License: | MIT + file LICENSE |
Version: | 1.1.0 |
Built: | 2025-02-14 07:19:20 UTC |
Source: | https://github.com/usaid-mozambique/sismar |
parse
Adicionar variáveis faltando no quadro de dados arrumado pela família de funções parse
add_missing_vars(df)
add_missing_vars(df)
df |
Objecto quadro de dados processado pela família de funções |
Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão
## Not run: df <- add_missing_vars() ## End(Not run)
## Not run: df <- add_missing_vars() ## End(Not run)
attach_meta_coord
utiliza as credenciais de utilizador armazenadas para aceder
a uma folha de cálculo do Google onde as coordenadas geográficas das unidades de
saúde estão armazenadas.
attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")
attach_meta_coord(df, sheetname = "map_us_coord")
df |
Dataframe já transformado através de |
sheetname |
Nome da folha do MISAU_Site_Map |
Dataframe contendo coordenadas geográficas das unidades sanitárias
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
attach_meta_mq
utilizes stored user credentials to access
a GoogleSheet where province and district uid metadata is
stored.
attach_meta_mq(df)
attach_meta_mq(df)
df |
Dataframe cleaned via reshape_sisma |
A dataframe containing mq metadata
## Not run: df <- attach_meta_mq(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_mq(df) ## End(Not run)
attach_meta_partner
utilizes stored user credentials to access
a GoogleSheet where province and district uid metadata is
stored.
attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")
attach_meta_partner(df, sheetname = "Alcancar")
df |
Dataframe cleaned via reshape_sisma |
sheetname |
Sheet name from the PCMD_Site_Map |
A dataframe containing partner metadata
## Not run: df <- attach_meta_partner(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_partner(df) ## End(Not run)
attach_meta_pepfar_ip
utilizes stored user credentials to access
a GoogleSheet where province and district uid metadata is
stored.
attach_meta_pepfar_ip(df)
attach_meta_pepfar_ip(df)
df |
Dataframe cleaned via reshape_sisma |
A dataframe containing partner metadata
## Not run: df <- attach_meta_pepfar_ip(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_pepfar_ip(df) ## End(Not run)
attach_meta_uid
utilizes stored user credentials to access
a GoogleSheet where province and district uid metadata is
stored.
attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")
attach_meta_uid(df, sheetname = "map_distrito_psnuuid")
df |
Dataframe cleaned via reshape_sisma |
sheetname |
Sheet name from the MISAU_Site_Map |
A dataframe containing site metadata
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- attach_meta_uid(df) ## End(Not run)
Helper function to check for input matches against template
check_exact_match(df_vars, template_vars)
check_exact_match(df_vars, template_vars)
df_vars |
dataframe variables |
template_vars |
reference input variables |
matrix of match vs. no match
## Not run: df <- check_exact_match() ## End(Not run)
## Not run: df <- check_exact_match() ## End(Not run)
Helper function for recoding DISA dataframe
clean_disa_dpi(df)
clean_disa_dpi(df)
df |
Semi-processed dataframe passed in via process_disa_dpi |
Recoded DISA dataframe
## Not run: df <- clean_disa_dpi() ## End(Not run)
## Not run: df <- clean_disa_dpi() ## End(Not run)
clean_sisma_csv()
A helper function that cleans .csv pivot tables
exported from SISMA
clean_sisma_csv
has been superseded in favor of clean_sisma_df
clean_sisma_csv(file)
clean_sisma_csv(file)
file |
Path to a .csv file exported from SISMA that contains data element variables running wide and period and organizational units running long |
clean_sisma_csv()
returns an object with 7 columns (period, snu,
psnu, sitename, sisma_uid, indicator, value). Unnecessary columns from
the input file are removed and a period column coded from the input
variable periodcode is created. All numeric data element columns that
represent indicator or data element values are pivoted long
## Not run: df <- clean_sisma_csv() ## End(Not run)
## Not run: df <- clean_sisma_csv() ## End(Not run)
Clean SISMA input file prior to parsing
clean_sisma_df(df)
clean_sisma_df(df)
df |
A dataframe already ingested by |
Cleaned SISMA dataframe
## Not run: df <- clean_sisma_df() ## End(Not run)
## Not run: df <- clean_sisma_df() ## End(Not run)
List of indicators
data(data_disa_uid_map)
data(data_disa_uid_map)
A list of the variables included in the site list
disa_uid
sisma_uid
datim_uid
List of indicators
data(data_sisma_geo_above_site)
data(data_sisma_geo_above_site)
A list of the variables included in the site list
provincia
snuuid
distrito
psnuuid
List of indicators
data(data_sisma_geo_sites)
data(data_sisma_geo_sites)
A list of the variables included in the site list
sisma_uid
latitude
longitude
List of indicators
data(data_sisma_sitelist)
data(data_sisma_sitelist)
A list of the variables included in the site list
sisma_uid
provincia
distrito
us
dedup_naomi
Deduplicates Naomi CSV file and maps in snu1uid
and psnuuid so that modeled indicator results can be plotted
geographically more easily
dedup_naomi( filename, quarter_lab = c("September 2023"), area_level_lab = c("Distrito") )
dedup_naomi( filename, quarter_lab = c("September 2023"), area_level_lab = c("Distrito") )
filename |
Path to Naomi CSV output |
quarter_lab |
Define quarter for Naomi output |
area_level_lab |
Define geography level for Naomi output |
A dataframe containing deduplicated Naomi indicator results
## Not run: df <- dedup_naomi(df) ## End(Not run)
## Not run: df <- dedup_naomi(df) ## End(Not run)
Detetar casos problemáticos de mapeamento de UID DISA para investigação
id_check_disa(df, period_window = 6)
id_check_disa(df, period_window = 6)
df |
Dataframe já processado por |
period_window |
Número de meses analisados do dataframe providenciado (contado a partir do mês mais recente) |
Dataframe com 1) UID DISA sem UID SISMA correspondentes; e 2) UID SISMA com múltiplos UID DISA
## Not run: df <- id_check_disa() ## End(Not run)
## Not run: df <- id_check_disa() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_auto
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_auto(df)
parse_sisma_ats_auto(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_auto
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_auto() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_auto() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_ccsd
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_ccsd(df)
parse_sisma_ats_ccsd(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_ccsd
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_ccsd() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_ccsd() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_history
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_history(df)
parse_sisma_ats_history(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_history
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_history() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_history() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_index
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_index(df)
parse_sisma_ats_index(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_index
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_index() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_index() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_results
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_results(df)
parse_sisma_ats_results(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_results
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_results() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_results() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_saaj_cm
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_saaj_cm(df)
parse_sisma_ats_saaj_cm(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_saaj_cm
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_saaj_cm() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_saaj_cm() ## End(Not run)
parse_sisma_ats_smi
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_ats_smi(df)
parse_sisma_ats_smi(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_ats_smi
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_ats_smi() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_ats_smi() ## End(Not run)
parse_sisma_csv
função auxiliar que chama a função apropriada
com base no argumento definido pelo utilizador
SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil
SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil
SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil
SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil
SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil
SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil
SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil
SMI-PF: PF, Saude Materna Infantil
SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil
ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV
ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV
ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV
ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven
ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente
ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABIAAAASCAYAAABWzo5XAAAAWElEQVR42mNgGPTAxsZmJsVqQApgmGw1yApwKcQiT7phRBuCzzCSDSHGMKINIeDNmWQlA2IigKJwIssQkHdINgxfmBBtGDEBS3KCxBc7pMQgMYE5c/AXPwAwSX4lV3pTWwAAAABJRU5ErkJggg==
ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV
HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV
HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV
HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV
HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV
HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora
HIV DAH: Doenca Avancada do HIV
parse_sisma_csv(data, type)
parse_sisma_csv(data, type)
data |
Caminho para o ficheiro de dados SISMA (guardado em formato .csv) |
type |
Define o tipo de dados programáticos para processamento |
parse_sisma_csv
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_csv() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_csv() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_ajmhcmm
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)
parse_sisma_hiv_ajmhcmm(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_ajmhcmm
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_ajmhcmm() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_apss
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_apss(df)
parse_sisma_hiv_apss(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_apss
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_apss() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_apss() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_dah
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_dah(df)
parse_sisma_hiv_dah(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_dah
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_dah() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_dah() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_its
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_its(df)
parse_sisma_hiv_its(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_its
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_its() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_its() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_prep
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_prep(df)
parse_sisma_hiv_prep(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_prep
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_prep() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_prep() ## End(Not run)
parse_sisma_hiv_tarv
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_hiv_tarv(df)
parse_sisma_hiv_tarv(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_hiv_tarv
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_tarv() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_hiv_tarv() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpp
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccd(df)
parse_sisma_smi_ccd(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccd
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ccr
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccr(df)
parse_sisma_smi_ccr(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccr
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccr() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccr() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ccs
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ccs(df)
parse_sisma_smi_ccs(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ccs
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccs() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ccs() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpn
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_cpn(df)
parse_sisma_smi_cpn(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_cpn
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpn() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpn() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_cpp
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_cpp(df)
parse_sisma_smi_cpp(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_cpp
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_cpp() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_mat
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_mat(df)
parse_sisma_smi_mat(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_mat
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_mat() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_mat() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pav
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pav(df)
parse_sisma_smi_pav(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pav
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pav() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pav() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pf
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pf(df)
parse_sisma_smi_pf(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pf
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_pf_int
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_pf_int(df)
parse_sisma_smi_pf_int(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_pf_int
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf_int() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_pf_int() ## End(Not run)
parse_sisma_smi_ug
Uma função auxiliar que gera um quadro de dados arrumado
a partir de um objecto relatório padrão introduzido por process_sisma_export
ou process_sisma_csv
. Variáveis úteis que são criados por esta função incluem
sexo, idade, tipo de subgrupo, e outras desagregações presentes na fonte.
parse_sisma_smi_ug(df)
parse_sisma_smi_ug(df)
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
parse_sisma_smi_ug
devolve um quadro de dados arrumado com 16
colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ug() ## End(Not run)
## Not run: df <- parse_sisma_smi_ug() ## End(Not run)
Tidy DISA viral load .xlsx files (extracted from OpenLDR)
process_disa_cv(file, month)
process_disa_cv(file, month)
file |
Path of DISA viral load .xlsx file |
month |
Month of DISA viral load extract (passed as "%Y-%m-%d") |
A tidy dataframe of DISA viral load results
## Not run: df <- process_disa_cv() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_disa_cv() ## End(Not run)
Tidy DISA DPI .xlsx files (extracted from OpenLDR)
process_disa_dpi(file, period, type = "new")
process_disa_dpi(file, period, type = "new")
file |
Path of DISA DPI .xlsx file |
period |
Month of DISA DPI extract (passed as "%Y-%m-%d") |
type |
Type of DISA data file to tidy ("old" or "new") |
A tidy dataframe of DISA DPI results
## Not run: df <- process_disa_dpi() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_disa_dpi() ## End(Not run)
process_sisma_csv
is a wrapper function that cleans
and transforms SISMA tabular exports saved locally in .csv format
process_sisma_csv
has been superseded in favor of process_sisma_export
SMI-CPN: CPN, Saude Materna Infantil
SMI-MAT: Maternidade, Saude Materna Infantil
SMI-CCR: CCR, Saude Materna Infantil
SMI-CPP: CCP, Saude Materna Infantil
SMI-CCD: CCD, Saude Materna Infantil
SMI-CCS: CCS, Saude Materna Infantil
SMI-UG: UG, Saude Materna Infantil
SMI-PAV: PAV, Saude Materna Infantil
ATS Result: ATS Resultados, Programa de HIV
ATS History: ATS Historial e Populacoes Chave, Programa de HIV
ATS CI: ATS Caso Indice e Ligacao, Programa de HIV
ATS SAAJ: ATS Serviço Amigo Adolescente Joven
ATS CCSD: Consulta da Crianca Sadia e Consulta da Crianca Doente
ATS SMI: ATS especifico a SMI (outros acomopanhantes na CPN, etc.)
ATS Auto: ATS Autotestagem, Programa de HIV
HIV TARV: Tratamento Antiretroviral (TARV), Programa de HIV
HIV PREP: Profilaxia Pré-Exposição (PrEP), Programa de HIV
HIV APSS: Apoio Psicossocial (APSS), Programa de HIV
HIV ITS: Infecções de Transmissão Sexual (ITS), Programa de HIV
HIV AJMHCMM: Adolescent Joven Mentor, Homen Campeao, Maes Mentora
HIV DAH: Doenca Avancada do HIV
process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")
process_sisma_csv(file, type, language = "portuguese")
file |
Path of sisma csv input |
type |
Type of sisma csv export (SMI-CPN, ATS Result, etc.) |
language |
Language of output variable names (portuguese or english) |
A tidy dataframe of SISMA program results
## Not run: df <- process_sisma_csv() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_sisma_csv() ## End(Not run)
Arrumar quadros de dados a partir de relatórios padrão SISMA em formato .csv
process_sisma_export(filename, language = "portuguese")
process_sisma_export(filename, language = "portuguese")
filename |
Caminho do ficheiro .csv exportado do SISMA |
language |
Linga dos nomes das variáveis no quadro gerado (português ou inglês) |
devolve um quadro de dados arrumado com 16 colunas de metadados da us, desagregações do indicador, e valores
## Not run: df <- process_sisma_export() ## End(Not run)
## Not run: df <- process_sisma_export() ## End(Not run)
função auxiliar que lê dados de exemplo no ambiente R
read_example_csv(example_data)
read_example_csv(example_data)
example_data |
Nome dos dados de exemplo gravado no |
read_example_csv
Quadro de dados de exemplo
## Not run: df <- example_data() ## End(Not run)
## Not run: df <- example_data() ## End(Not run)
Reordenar variáveis padrão
seq_vars(df)
seq_vars(df)
df |
Objecto quadro de dados contendo todos variáveis padrão |
devolve um quadro de dados arrumado com 16 variáveis reordenados
## Not run: df <- seq_vars() ## End(Not run)
## Not run: df <- seq_vars() ## End(Not run)
Função auxiliar que define a lingua dos variáveis no quadro gerado
set_language(df, language = "portuguese")
set_language(df, language = "portuguese")
df |
Objecto relatório padrão introduzido por |
language |
Língua desejada ("portuguese" ou "english") |
Quadro de dados arrumado com nomes das variáveis na lingua desejada
## Not run: df <- set_language() ## End(Not run)
## Not run: df <- set_language() ## End(Not run)
Cria uma estrutura organizacional (pastas) que é comum a todos os projectos sismar
setup_sismar_folder( folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine", "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images", "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics", "markdown") )
setup_sismar_folder( folder_list = list("Data", "Data/sisma", "Data/disa", "Data/pepfar", "Data/ine", "Data/sismar/processed", "Data/disa/processed", "Data/pepfar/processed", "Images", "Scripts", "AI", "Dataout", "Data_public", "GIS", "Documents", "Graphics", "markdown") )
folder_list |
lista de pastas a instalar |
Um conjunto padrão de pastas no projeto para utilizar com as funções sismar
## Not run: setup_sismar_folder() ## End(Not run)
## Not run: setup_sismar_folder() ## End(Not run)